Hišne miši navadno poznamo pod strokovnim imenom Mus musculus, Vendar novejše raziskave kažejo, da samo v Evropi živi pet različnih vrst hišnih miši. Dve vrsti sta komenzalni, to pomeni da živita v sobivanju z drugimi vrstami, ostale tri pa živijo izključno v naravi.
Obe komenzalni vrsti (Mus musculus in M. domesticus) naseljujeta ločeni območji, na stičišču pa med njima prihaja do križanja. Zaradi tega razloga ju v literaturi neredko združujejo v eno samo vrsto, vendar kot dve samostojni podvrsti. V Sloveniji živita obe vrsti in sicer M. domesticus na zahodu, M. musculus na vzhodu. Morfološke razlike med njima so neznatne, zato ju lahko razlikuje samo strokovnjak.
V urbanem okolju živijo hišne miši v razmeroma izoliranih socialnih skupinah, zato je v takih skupinah manjša genetska raznovrstnost kot v naravi, kjer se razmnožujejo naključno.
Legla si sledijo v enomesečnih zaporedjih. Samica po 19-20 dnevni brejosti skoti 2-8 (povprečno 6,5-7,5) mladičev, ki jih doji dva tedna. Mladi spolno dozorijo v starosti 5-6 tednov. Urbane populacije se razmnožujejo vse leto, v naravi pa je kotitev omejena na vegetacijsko sezono. Preživetje urbanih hišnih miši je boljše kot v naravi, zato niso redki osebki stari nad dve leti. Plenilci niso pomemben dejavnik uravnavanja populacijske gostote.